On vuosi 2155, ja elämästä maan päällä on tullut kestämätöntä, koska ympäristötilanne on kestämätön. Selviytymisen vuoksi ihmiset pakotetaan siirtämään sielunsa suuren neuroteknologiayrityksen IONin kehittämään robottikehoon. Odottamattoman onnettomuuden jälkeen päähenkilö L-064N herää yhdessä robottikehoista muistamatta mitään, mutta hänellä on ainoa tieto siitä, että ION pelasti hänet säälittävässä tilassa. Nyt hänen mielensä ja sielunsa ovat Android-kehossa, jolla ei ole kykyä kommunikoida, mutta teknologiset toiminnot ovat paljon parempia kuin hänen ihmiskehonsa. System of Souls on ensimmäisen persoonan pulmapeli.