Kemisti 3 -kirjan keskeisin sisältö on todellisuuden ja mallin vertailu: miten reaktion kulkua voidaan kuvata eri tavoin ja mitä tietoja kemian merkkikieli ja mallit antavat todellisista tapahtumista. Mallintamistaitojen kehittymisen myötä lukijaa johdatellaan vähitellen yhä syvemmälle kemian maailmaan.